目前，有效控制毕业论文重复率的主要手段是运用学术不端检测软件进行重复率的检查，常用的检测系统有中国知网、万方检测系统、维普检测系统、Paperpass等，同一篇文章在不同平台上的重复率不尽相同，究其原因可能是每个检测系统所比对的数据库及重复率计算的方法有所不同。
1.中国知网。中国知网是医学类毕业论文最常用的数据库，其所比对的数据库有中国学术期刊网络出版总库、中国重要会议论文全文数据库、中国博士学位论文全文数据库/中国优秀硕士学位论文全文数据库、中国重要报纸全文数据库、中国专利全文数据库、英文数据库(涵盖期刊、博硕、会议的英文数据库以及德国Springer、英国TaylorFraneis期刊数据库等)、港澳台学术文献库、优先出版文献库、互联网文档资源、图书资源、CNKI大成编客一原创作品库、学术论文联合比对库以及个人比对库，其采用最先进的模糊算法，同时设置5%的查重17值，论文中连续13个字相似或抄袭会被检测出来并标红，提示该语句存在抄袭的可能。
2.维普检测系统。维普检测所对比的数据库是中文科技期刊论文全文数据库、博士/硕士学位论文全文数据库、中文主要报纸全文数据库、中国主要会议论文特色数据库、中国专利特色数据库、高校自建资源库、个人自建资源库、图书资源、古籍文献资源、年鉴资源、外文特色文献数据全库、互联网数据资源/互联网文献资源、维普优先出版论文全文数据库、IPUB原创作品。目前维普检测系统是论文查重覆盖最全面的抄袭自查系统，其特点是英文及中文文本均可检测。
3.万方检测系统。万方检测所对比的数据库有中国学术期刊数据库、中国学术会议论文数据库、中国学位论文全文数据库、中国学术网页数据库、中国专利全文数据库，其采用的算法是基于滑动窗口的低频特征部分匹配算法，特点是检测速度快。
4.Paperpass论文检测系统。其所应用的是超过万的学术期刊和学位论文以及一个超过10亿数量的互联网网页数据库，其采用动态指纹越级扫描技术进行论文比对，连续8个字相同则会被检测出，提示有抄袭的可能，缺点是仅支持中文论文的查重。
